合理筹划运费可降税负
企业的运费收支，与税收有着密切联系，增值税一般纳税人支付运费可抵扣进项税，收取运费应缴纳营业税或增值税。运费收支状况发生变化时，对企业纳税情况会产生一定的影响。当这种影响达到可人为调控，并能合理合法着意计算安排时，运费中的税收筹划便产生了。
运费结构与税负的关系
企业发生的运费对于一般纳税人自营车辆来说，运输工具耗用的油料、配件及正常修理费支出等项目，可以抵扣17%的增值税（索取专用发票扣税），假设运费价格中的可扣税物耗的比率为R（不含税价，下同），则相应的增值税抵扣率就等于17%×R。
再换一个角度思考运费扣税问题：若企业不拥有自营车辆，而是外购，在运费扣税时，按现行政策规定可抵扣7%的进项税，同时，这笔运费在收取方还应当按规定缴纳3%的营业税。这样，收支双方一抵一缴后，从国家税收总量上看，国家只减少了4%（即7%-3%）的税收收入。换句话说，该运费总算起来只有4%的抵扣率。
现在，令上述两种情况的抵扣率相等时，就可以求出R之值。即：17%R＝4%，则R＝4%÷17%＝23.53%。R这个数值说明，当运费结构中可抵扣增值税的物耗比率达23.53%时，实际进项税抵扣率达4%。此时按运费全额7%抵扣与按运费中的物耗部分的17%抵扣，二者所抵扣的税额相等。因此，可以把R＝23.53%称为"运费扣税平衡点"。
例如：A企业以自营车辆采购材料一批，内部结算运费价格2000元，现取R之值为23.53%计算，则这笔2000元的采购运费价格中包含的物耗为：2000×23.53%＝470.60元，相应可抵扣进项税额为：470.60×17%＝80元。如果自营车辆独立核算时，A企业可以向该独立车辆运输单位索取运费普通发票并可抵扣7%的进项税＝2000×7%＝140元，与此同时，该独立核算的车辆还应缴纳营业税＝2000×3%＝60元。这样，站在A企业与独立车辆总体角度看，一抵一缴后实际抵扣税只有80元。
以上说明当R＝23.53%时，两种情况抵扣的税额相等（都是80元），该运费扣税平衡点是存在的。
降低税负的途径
采购企业自营运费转变成外购运费，可能会降低税负。拥有自营车辆的采购企业，当采购货物自营运费中的R值小于23.53%时，可考虑将自营车辆"独立"出来。
如B企业以自营车辆采购货物，根据其以往年度车辆方面抵扣进项税资料分析，其运费价格中R值只有10%，远低于扣税平衡点。假设1999年该企业共核算内部运费76万元，则可抵扣运费中物耗部分的进项税＝76×10%×17%＝1.292万元。
如果自营车辆"独立"出来，设立隶属于B企业的二级法人运输子公司后，B企业实际抵扣税又是多少呢？"独立"后，B企业一是可以向运输子公司索取运费普通发票计提进项税＝76×7%＝5.32万元；二是还要承担"独立"汽车应纳的营业税＝76×3%＝2.28万元，一抵一缴的结果，B企业实际抵扣税款3.04万元，这比原抵扣的1.292万元多抵了1.748万元。运费的内部核算价未作任何变动，只是把结算方式由内部核算变为对外支付后，B企业就能多抵扣1.748万元的税款。
售货企业将收取的运费补贴转成代垫运费，也能降低自己的税负，但要受到售货对象的制约。对于售货方来说，其只要能把收取的运费补贴改变成代垫运费，就能为自己降低税负。
如C厂销给D企业某产品1万件，不含税销价100元／件，价外运费10元／件，则增值税销项税额为：10000×100×17%＋10000×10÷（1＋17%）×17%＝184529.91元，若进项税额为108000元（其中自营汽车耗用的油料及维修费抵扣进项税8000元），则应纳税额＝184529.91－108000＝76529.91元。
如果将自营车辆"单列"出来设立二级法人运输子公司，让该子公司开具普通发票收取这笔运费补贴款，使运费补贴收入变成符合免征增值税条件的代垫运费后，C厂纳税情况则变为：销项税额17万元（价外费用变成符合免征增值税条件的代垫运费后，销项税额中不再包括价外费用计提部分），进项税额10万元（因运输子公司为该厂二级独立法人，其运输收入应征营业税，故运输汽车原可以抵扣的8000元进项税现已不存在了），则应纳增值税额为7万元，再加运输子公司应缴纳的营业税为：10000×10×3%＝3000元。这样C厂总的税收负担（含二级法人应纳营业税）为73000元，比改变前的76529.91元，降低了3529.91元。因此，站在售货企业角度看，设立运输子公司是合算的。
然而，购销行为总是双方合作的关系，购货方D企业能接受C厂的行为吗？改变前，D企业从C厂购货时的进项税是184529.91元，改变后，D企业的进项税分为购货进项税17万元和支付运费计提的进项税7000元两块儿，合计起来17.7万元，这比改变前少抵扣了7529.91元。看来，销货方改变运费补贴性质的做法，购货方未必会同意（当然，如果做工作或附加一些其他条件能使购货方同意，则另当别论）。
在实务中，为消除购货方对售货方"包装"运费、降低税负的制约，可以选择特定的购货者予以实施，即当购货方通常不是增值税一般纳税人或虽是增值税一般纳税人但采购货物无需抵扣进项税额时，可考虑改变运费补贴状况。
如销售建材产品的企业，如果购货方是建设单位、施工企业或消费者等非增值税一般纳税人时，可考虑对原包含在售价之中的运费价款转变成代垫运费。
又如，销售大型机械设备的企业，如果购货方作为固定资产入账的，可将售货总价中的运费价款改变成代垫运费。这样，就不会引起采购方少抵扣税款问题。需要特别补充的是，无论把自营运费转成外购运费，还是把运费补贴收入转成代垫运费，都必然会增加相应的转换成本，如设立运输子公司的开办费、管理费及其他公司费用等支出。当节税额大于转换支出时，说明税收筹划是成功的；反之，当节税额小于转换支出时，应维持原状不变为宜。另外，运费在转换过程中可能还会遇到一些非经济因素障碍，实际运作中也应予以考虑。（注：本文中税负仅从流转税的角度分析，其他税负忽略不计。例证中企业增值税税率适用17%。）
